detection of loci under positive selection in iranian baluchi and zel sheep breeds

[ ' s e l e c t i v e s i g n a t u r e s i n w h o l e g e n o m e c a n h e l p u s t o u n d e r s t a n d t h e m e c h a n i s m s o f s e l e c t i o n a n d t o i d e n t i f y t h e g e n o m i c r e g i o n s t h a t h a v e b e e n u n d e r n a t u r a l o r a r t i f i c i a l s e l e c t i o n d u r i n g l o n g y e a r s . t h e o b j e c t i v e o f t h i s s t u d y w a s t o i d e n t i f y t h e g e n o m i c r e g i o n s t h a t h a v e b e e n u n d e r a r t i f i c i a l a n d n a t u r a l s e l e c t i o n i n b a l u c h i a n d z e l s h e e p b r e e d s . 1 4 3 s h e e p f r o m b a l u c h i ( n = 9 6 ) a n d z e l b r e e d s ( n = 4 7 ) h a v e b e e n g e n o t y p e d u s i n g t h e i l l u m i n a o v i n e s n p 5 0 b e a d c h i p . u n b i a s e d m e t h o d o f w e i r a n d c o c k e r h a m ’ s f s t ( t h e t a ) w a s u s e d t o d e t e c t t h e s e l e c t i o n s i g n a t u r e s i n t h e r p a c k a g e . t h e r e s u l t s r e v e a l e d s e v e n t e e n g e n o m i c r e g i o n s o n 3 ' , 4 , 5 , 7 , 1 0 , 1 1 , 1 2 , 1 3 , 1 5 , ' 1 8 a n d x c h r o m o s o m e s . b i o i n f o r m a t i c s a n a l y s i s d e m o n s t r a t e d t h a t s o m e o f t h e s e g e n o m i c r e g i o n s o v e r l a p p e d w i t h r e p o r t e d g e n e s i n c l u d e d i n t h e d e v e l o p m e n t o f t h e s k e l e t a l s y s t e m a n d t a i l ' , ' c y t o l o g y c e l l s ' , ' i m m u n e s y s t e m ' , ' s u g a r a n d e n e r g y m e t a b o l i s m a n d r e p r o d u c t i o n t r a i t s s u c h a s r p s 6 k a 3 ' , ' h o x b 9 ' , ' e s p l 1 ' , ' a a a s ' , ' f n d c 3 a g e n e s . t h e r e s u l t s o f t h e p r e s e n t s t u d y a n d t h e i d e n t i f i e d g e n o m i c r e g i o n s c a n p l a y a n i m p o r t a n t r o l e i n s t u d y o f t h e e f f e c t o f t h e s e l e c t i o n o n p o p u l a t i o n d i f f e r e n t i a t i o n i n t w o b a l u c h i f a t ' , ' t a i l e d a n d z e l t h i n ' , ' t a i l e d b r e e d s a n d s u b s e q u e n t l y ' , ' w o u l d d i r e c t u s t o i d e n t i f y t h e g e n o m i c r e g i o n s a s s o c i a t e d w i t h t r a i t s d i f f e r e n t i a t e t h e s e b r e e d s . ' ]